歷史
本校為東華三院轄下的第十七間中學，位於新界元朗坳頭，佔地約6,200平方米，於1994年9月開課。本校藉著特色的課程及老師專業有效的教學，提升學生學習興趣；並配合教育改革及知識型社會的需要，為學生進行「全人教育」，提供一個優良的學習環境，發揮個人的潛能，培養他們日後成為具備知識技能、有獨立思考能力、勇於承擔責任和關注社會事務的良好公民。1996年起，學校附設之學生宿舍正式投入服務，支援學生全人發展。
隨著教育署（現時教育局）的課程改革，將實用中學主流化，本校已於2001年9月1日起，由「東華三院馬振玉慈善基金實用學校」改名為「東華三院馬振玉紀念中學」。同年，承蒙東華三院壬申年董事局主席陳聖澤太平紳士慨捐善款資助宿舍，宿舍大樓於2001年12月13日舉行命名典禮，獲時任教育署首席教育主任李世乾先生任主禮嘉賓，正式命名為「東華三院陳聖澤大樓」。宿舍提供一百二十個宿位，為學生提供服務。
校舍改善工程
2002年9月1日，本校正式轉型為一所主流中學。為配合學校不斷發展，本校於2004年4月進行校舍改善工程及興建新教學大樓，增添兩間電腦室、一間語言實驗室、一間音樂室、一個有蓋操場及六間課室，同年7月，本校第一屆香港中學會考畢業生誕生。
新教學大樓工程於2005年8月竣工。馬博士於2005年8月探訪本校，並捐款增設校園冷氣及資訊科技設備。新教學大樓開幕典禮於2006年1月舉行，承蒙馬漢寧博士及王定一主席為新大樓進行開幕儀式，正式命名為「東華三院馬振玉紀念中學馬李樸慧樓」。同年2月，學校成立法團校董會，並邀請馬漢寧博士為本校獨立校董。家長校董及校友校董亦已於同年4月選出。由於本校開設班數不斷增加，為增加課室數量。其後，本校於2006年7月將新教學大樓一樓教師休息室及二樓電腦室改建為三個課室，以回應越來越多學生申請入讀本校。2012年有第一屆香港中學文憑考試畢業生。
本校校舍「百年樹人平房區」於2014年列入香港二級歷史建築。2017年，馬博士再慨捐善款，優化地下自主學習室，並於2021至2022年度獲優質教育基金撥款將電腦室改建為創藝實驗室。
2024年，「百年樹人平房區」被列入大灣區教育文物徑（香港段），以「百年樹人：辦學精神傳承」主題，見證新界地區的教育發展。至2026年，馬博士再度以「馬振玉慈善基金」名義支持本校成立「AI+創智生活研究中心」以推動人工智能教學。同年，本校獲東華三院善長宋陳碧桃遺囑慷慨資助創建「智慧領航科研中心」，推動數字教育的發展。
班級編制
本校為全日制中學，開設中一至中六級，依教育局規定，每班學生上限二十三名。
| 中一 | 中二 | 中三 | 中四 | 中五 | 中六 | 共 | |
| 開設班數 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 19 |
| 人數 | 69 | 69 | 69 | 69 | 69 | 92 | 437 |
