歷史
本校為東華三院轄下的第十七間中學，位於新界元朗坳頭，佔地約6200平方米，於一九九四年九月開課。本校藉著特色的課程及老師專業有效的教學，提升學生學習興趣；並配合教育改革及知識形社會的需要，提供全人教育，培養學生回饋社會的精神。
隨著教育署的課程改革，將實用中學主流化，本校已於二零零一年九月一日起，由「東華三院馬振玉慈善基金實用學校」，改名為「東華三院馬振玉紀念中學」。並於二零零二年九月一日，正式轉型為一所主流中學，於二零零四年七月有第一屆會考生畢業及將於二零零七年七月有第一屆中七畢業生。
校舍改善、興建新大樓
另外，承蒙東華三院壬申年董事局主席陳聖澤太平紳士慨捐善款資助宿舍，宿舍大樓於二零零一年十二月十三日舉行命名典禮，並邀請教育署首席教育主任(課程發展處)李世乾先生為主禮嘉賓，正式命名為「東華三院陳聖澤大樓」。共有宿位一百二十個，為有需要的學生提供服務。
為配合學校不斷發展，於二零零四年四月開始校舍改善工程，興建新大樓，二零零五年八月完成，完成後本校增添了2間電腦室、1間語言實驗室、1間音樂室、1個有蓋操場及6間課室。新大樓開幕典禮於二零零六年一月舉行，命名為東華三院馬振玉紀念中學馬李樸慧樓，承蒙馬振玉兒子馬漢寧先生為主禮嘉賓，由王定一主席陪同進行開幕儀式。馬先生曾於05年8月到本校參觀，並捐款港幣一百二十萬元予本校作加設校園冷氣及資訊科技設備之用。由於本校開設班數不斷增加，為加設班房，於二零零六年七月將新大樓1樓教師休息室及2樓電腦室改建為3個課室。
本校已於二零零六年二月成立法團校董會，而馬漢寧先生已答允出任本校獨立校董。另外， 家長校董亦已於2006年四月選出。
班級編制
本校為全日制中學，開設中一至中六班級，每班學生二十三名，共提供六百個學額。
| 中一 | 中二 | 中三 | 中四 | 中五 | 中六 | 共 | |
| 開設班數 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 21 |
| 人數 | 69 | 69 | 69 | 92 | 92 | 92 | 483 |
